食ったメシはどこへ行く？・・・

摂取した食餌は、とうぜん、まず口に入ります
んで、食道、胃を経て、十二指腸などの小腸上部に到達し、その後、宿主に栄養分を吸収されながら、大腸、直腸へと送り出されるわけです。

消化管の場所によって、その内容物に含まれる栄養分には違いが生じることになります。そして、食べ物やガスを介して消化管に送り込まれる酸素濃度は、元々高くないのに加えて、腸管上部に生息する腸内細菌が呼吸す ることで酸素を消費します
つまり、うんちが、酸素ガスを食う！
だから、下部に進むほど腸管内の酸素濃度は低下し、大腸に至るころにはほとんど完全に嫌気性の環境になり、これが腸内細菌フローラのベース環境になるわけですね
つまり、おんなじ人間の腸管 内でも、その部位によって栄養や酸素環境が異なるため、腸内細菌叢を構成する細菌の種類と比率は、その部位によって異なるわけです。
一般に小腸の上部では腸内細菌 の数は少なく、呼吸と発酵の両方を行う通性嫌気性菌の占める割合が高いわけですが、下部に向かうにつれて細菌数が増加し、また同時に酸素のない環境に特化した偏性嫌気性菌が主流になることになります
環境に応じた腸内細菌治療が望まれます

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%85%B8%E5%86%85%E7%B4%B0%E8%8F%8C#.E8.85.B8.E5.86.85.E7.B4.B0.E8.8F.8C.E5.8F.A2.E3.81.A8.E3.81.9D.E3.81.AE.E6.A7.8B.E6.88.90

腸内細菌の治療は、様々な疾患でトライアルがはじまっているようです
このFMT治療が試みられた疾患のうち，改善（一時的なものも含む）もしくは治癒が報告されている疾患は
消化器疾患では特発性便 秘，炎症性腸疾患（IBD），過敏性腸症候群（IBS），消化器疾患以外では自閉症，慢性疲労症候群（CFS），糖尿病およびインスリン抵抗性，線維筋痛 症，特発性血小板減少性紫斑病（ITP），メタボリックシンドローム，多発性硬化症，ミオクローヌス・ジストニア症候群，パーキンソン病。
他にもパイロット的に、さまざまな疾患に対して可能性が言われており、
胆石症，結腸直腸がん，肝性脳症，家族性地中海熱，胃がん・胃リンパ腫，さらに関節炎，喘息，アトピー性疾患，自己免疫疾患，湿疹， 脂肪肝，花粉症，高コレステロール血症，虚血性心疾患，気分障害，肥満，シュウ酸カルシウムを主成分とする腎結石などなども，理論的には腸内細菌叢の変化との関連を認める疾 患であるという可能性もあります
けっこう、夢が広がりますね

http://mtpro.medical-tribune.co.jp/mtpronews/1303/1303028.html